Il pH delle feci è normalmente neutro o leggermente alcalino (6,8 - 7,5). Feci più acide, fisiologiche solo nel neonato, possono indicare infezioni intestinali (Escherichia coli, Rotavirus) o disordini digestivi, come l'intolleranza al lattosio o ai grassi (steatorrea da insufficienza pancreatica o stasi biliare).
Il pH delle feci è influenzato dalle abitudini dietetiche del soggetto; ad esempio, diete eccessivamente ricche di carni e latticini rendono le feci più alcaline. La flora batterica intestinale putrefattiva, infatti, demolisce gli amminoacidi sfuggiti all'assorbimento, generando amine tossiche e maleodoranti; di riflesso, il pH delle feci tende ad aumentare come risultato dell'accresciuta produzione di ammoniaca. Non è quindi un caso che un pH fecale troppo alcalino, accompagnato ad una riduzione degli acidi grassi a corta catena (vedi butirrato), sia stato messo in relazione con un accresciuto rischio di tumori del colon retto.
Se il pH delle feci tende ad aumentare in presenza di disbiosi putrefattiva, tende invece a scendere in presenza di disbiosi di tipo fermentativo, le cui cause d'origine vanno ricercate nell'eccessiva ingestione di carboidrati od in un cattivo assorbimento degli stessi (celiachia). Anche in presenza di un'abbondante assunzione lipidica, nelle diete vegetariane e nel digiuno prolungato, il pH delle feci diviene acido.
Per evitare di falsare i risultati dell'esame, le feci non devono essere contaminate da urine e devono essere rapidamente refrigerate per evitare che ammoniaca urinaria e batteri putrefattivi rendano alcalino il pH fecale.